En el año 1346 estalló en Venecia la terrible epidemia de peste que diezmó la población y llevó la ciudad a elegir una isla cerca del Lido para convertirla en un lazzaretto, el lugar donde llevar a los enfermos para intentar curarlos, aunque casi siempre sólo pasaban allá sus últimos días de vida. Cuando se estableció el Nuevo Lazzaretto en una larga franja de tierra que está a la derecha del camino desde Murano hacia Torcello, esa isla cerca del Lido fue nombrada Lazzaretto Vecchio, el viejo lazzaretto. Antes del siglo XV, cuando el Estado de Venecia decidió instalar aquí un centro de prevención de la transmisión de peste, el Nuevo Lazzaretto solía ser un monasterio muy grande. Durante el siglo XV fue el lugar donde enviar a la gente que se sospechaba estar infectada, sobre todo a los marineros que regresaban después de largos viajes, para pasar aquí un período de cuarentena aislados de todos antes de que se les pudiera reconocer en salud y aptos para volver a la ciudad.
Cuando los brotes de peste terminaron a finales del siglo XVI, la isla de Lazzaretto Nuevo fue abandonada y hoy en día es la protagonista de muchos planes y proyectos culturales e históricos y se está convirtiendo en el ejemplo de la recuperación de las islas de la laguna.