E’ probabile inoltre che si tratti delle prima prigione in Europa dotata non solo dello spazio da detenzione, ossia le celle, ma anche quello per uso giuridico ossia la grande Sala della Magistratura – al giorno d’oggi è normale che un carcere sia dotato di spazi per i prigionieri e di quello per avvocati e magistrati ma fino a prima della costruzione di questo edificio non era ancora così.
Nel momento in cui la prigione inizia a funzionare, questa diviene la sede di un corpo di polizia a cui veniva demandata anche l’esecuzione di funzioni giudiziarie a seguito della consultazione con magistratura e Consiglio dei Dieci. Si trattava dei Signori di Notte al Criminale, un’istituzione relativamente antica, creata nel Duecento quando all’epoca contava solo due agenti, che tuttavia nel tempo divengono sei come i quartieri (sestieri) di Venezia, a ciascuno di loro viene affidato il controllo di un distretto. Era loro compito proseguire con gli arresti, aprire un processo, e anche decidere per l’incarcerazione, o pene e punizioni fisiche come tortura e mutilazioni.
Si finiva dunque rinchiusi nelle Prigioni Nuove a seguito di un arresto o perché colti in flagrante reato, o tramite delazione, come dimostra la “cassetta da lettere” murata, e il cui utilizzo è confermato dall’iscrizione che vi si può leggere. Le lettere lì imbucate venivano lette tutte, e valutato il contenuto, venivano scelte quelle di maggior gravità o interesse: la più famosa che vi finì, fu quella che accusava Giacomo Casanova, a seguito della quale si diede seguito con l’arresto che avvenne il 26 luglio 1755. Lo stesso processo si svolse nelle Prigioni Nuove concludendosi con piena condanna per tutte le accuse contestate, e la decisione di rinchiuderlo nei Piombi.