Il est également probable qu’il s’agisse de la première prison en Europe dotée non seulement d’un espace de détention, c’est-à-dire les cellules, mais aussi celui à usage légal, c’est-à-dire la grande salle de la Magistrature – il est aujourd’hui normal qu’une prison être équipé d’espaces pour les détenus et celui pour les avocats et les magistrats mais jusqu’à avant la construction de ce bâtiment ce n’était pas encore le cas.
Lorsque la prison commence à fonctionner, elle devient le siège d’une force de police qui s’est également vu confier l’exécution des fonctions judiciaires après consultation de la magistrature et du Conseil des Dix. Il s’agissait des Seigneurs de la Nuit au Criminel, institution relativement ancienne, créée au XIIIe siècle alors qu’elle ne comptait à l’époque que deux agents, qui pourtant avec le temps sont devenus six comme les quartiers (sestrieri) de Venise, où chacun d’eux etait chargé du contrôle d’un district. C’était leur travail de continuer les arrestations, d’ouvrir un procès et même de décider de l’incarcération, ou des châtiments corporels et des punitions telles que la torture et la mutilation.
On se retrouvait enfermés dans les Nouvelles Prisons à la suite d’une interpellation ou parce qu’ils ont été pris en flagrant délit, ou par le biais d’un rapport, comme le montre la « boîte aux lettres » murée, et dont l’usage est confirmé par l’inscription qu’on peut lire là. Les lettres postées là-bas ont toutes été lues, et le contenu évalué, celles de plus de gravité ou d’intérêt été choisies: la plus célèbre qui etait envoyee là, était celle qui accusait Giacomo Casanova, à la suite de laquelle il a suivi l’arrestation qui a eu lieu le 26 juillet 1755. Le même processus eut lieu dans les Nouvelles Prisons, se terminant par la condamnation totale de toutes les charges litigieuses, et la décision de l’enfermer dans les Plombs.
