Nonostante la costruzione di un edificio nuovo e appositamente progettato, le Prigioni Nuove non riuscirono a risolvere uno dei problemi più gravi della detenzione veneziana: il sovraffollamento.

Anche qui le celle finirono rapidamente per ospitare più prigionieri del previsto. Gli spazi erano ridotti, condivisi e difficili da mantenere in condizioni accettabili. La pulizia avveniva solo poche volte all’anno, con l’uso di aceto e calce viva, mentre un semplice secchio di legno fungeva da toilette comune, rendendo l’aria pesante e difficile da respirare.

A queste condizioni si aggiungeva l’umidità costante dell’ambiente lagunare, che favoriva la diffusione di malattie, epidemie, insetti e roditori. Vivere in prigione significava quindi convivere quotidianamente con il rischio di ammalarsi gravemente.

I dati storici sono chiari: nelle carceri del Palazzo Ducale sopravviveva circa il 35% dei prigionieri; nel Palazzo delle Prigioni Nuove la percentuale salì al 45–50%. In altre parole, per circa metà dei detenuti la prigione restava un luogo da cui non si usciva vivi.