Es probable que esta fuera la primera prisión en Europa no solo equipada con celdas, sino también con un espacio para funciones judiciales, como la gran Sala de la Magistratura. Hoy en día es normal que una prisión disponga de áreas para prisioneros y para abogados y magistrados, pero antes de la construcción de este edificio, no era así.
Al comenzar a funcionar, la prisión se convirtió en sede de un cuerpo de policía encargado de funciones judiciales, en consulta con la magistratura y el Consejo de los Diez. Eran los «Signori di Notte al Criminale» («Señores de Noche al Criminal»), una institución relativamente antigua, creada en el siglo XIII con solo dos agentes, que con el tiempo aumentaron a seis, uno para cada sestieri de Venecia. Su labor incluía realizar arrestos, abrir procesos y decidir sobre encarcelamientos, así como penas físicas como torturas y mutilaciones.
Se terminaba en las Prisiones Nuevas tras un arresto, ya fuera por flagrante delito o mediante delación, como lo demuestra la “cajita de cartas” empotrada en la pared, cuyo uso está confirmado por una inscripción. Todas las cartas depositadas eran leídas y se seleccionaban las más graves. La más famosa fue la que acusó a Giacomo Casanova, lo que llevó a su arresto el 26 de julio de 1755. Su juicio se llevó a cabo en las Prisiones Nuevas, resultando en una condena total y su encarcelamiento en los Piombi.
