Der Palazzo delle Prigioni Nuove wird somit in Anlehnung an den „alten“ Haftraum definiert, der sich ganz in der Nähe befindet: kein echtes Gefängnis, sondern eine Reihe von Räumen im Palazzo Ducale, die als Zellen genutzt werden. Eine befand sich direkt unter dem Dach und sind die Zellen, die als „Piombi“ bekannt sind, da das Dach mit dem gleichen Material bedeckt war, wodurch es im Winter sehr kalt und im Sommer sehr heiß war. Der andere Raum befindet sich auf der gegenüberliegenden Seite, also auf der Wasseroberfläche, und ist eine Reihe von Zellen, die „Brunnen“ genannt werden, weil sie sich mit der steigenden Flut (und damit dem Phänomen des Hochwassers) schließlich füllten mit ‚Wasserfall. In diesen Gefängnissen konnten die Bedingungen für die Gefangenen nur sehr hart sein, aber in Wirklichkeit war das erste Problem, das in Betracht gezogen wurde, das Platzproblem. Da es sich hierbei um ständig überfüllte Zellen handelte, wurde beschlossen, mit dem Bau eines speziellen Haftgebäudes zu beginnen, daher die Definition „Neue Gefängnisse“. Der Bau begann 1564 und endete 1615.
Dass es sich um ein hochrangiges Projekt handelte, d. h. um ein von den Behörden der Republik gewünschtes institutionelles Projekt, geht aus verschiedenen Merkmalen hervor. Zwei sind hervorzuheben: Erstens die absolut zentrale Lage in der Nähe des Palazzo Ducale, der über die Seufzerbrücke verbunden ist, und schließlich die imposante Masse des Gebäudes, die durch die Wahl des Baumaterials hervorgehoben wird. Es handelt sich um istrischen Stein, der in Venedig (an der Seufzerbrücke selbst) weit verbreitet ist und für seine Festigkeit, Schwere und Isolierung – sowohl gegen Feuchtigkeit als auch gegen Feuer – geschätzt wird, und es ist kein Zufall, dass die Gefängnisse das am besten erhaltene Gebäude dieser Zeit sind Stadt, da das Feuer nie überhand genommen hat.
