El Palazzo delle Prigioni Nuove se define así en referencia al «antiguo» espacio de detención que se encuentra muy cerca: no una verdadera prisión, sino una serie de espacios del Palazzo Ducale utilizados como celdas. Una estaba ubicada justo debajo del techo y son las celdas conocidas como «Piombi» ya que el techo estaba cubierto con el mismo material, lo que las hacía muy frías en invierno y muy calurosas en verano. El otro espacio se encuentra en el lado en frente, es decir, en la superficie del agua, y es una hilera de celdas llamadas «Pozos» porque con la marea creciente (y por tanto con el fenómeno de la marea alta), terminaron llenándose con ‘cascada’. En estas cárceles las condiciones de los presos sólo podían ser muy duras pero en realidad el primer problema que se tuvo en consideración fue el del espacio. Se trataba de celdas perpetuamente superpobladas y por ello se tomó la decisión de iniciar la construcción de un edificio especial para detención, de ahí la definición de «Nuevas Cárceles». La construcción comenzó en 1564 y finalizó en 1615.
El hecho de que se trataba de un proyecto de alto nivel, es decir, un proyecto institucional deseado por las autoridades de la República, se desprende de varias características. Hay que destacar dos: el primero es una ubicación absolutamente central, cerca del Palacio Ducal conectado por el Puente de los Suspiros, y finalmente la imponente masa del edificio, acentuada por la elección del material de construcción. Se trata de piedra de Istria, muy utilizada en Venecia (el propio Puente de los Suspiros), apreciada por sus características de solidez, pesadez y aislamiento -tanto de la humedad como del fuego-, y no es casualidad que las Prisiones sean el edificio mejor conservado de la ciudad desde que el incendio nunca se apoderó de ella.
