El Palacio de las Prisiones Nuevas se define así en referencia al espacio de detención “viejo” que se encuentra muy cerca: no es una verdadera prisión, sino una serie de espacios del Palacio Ducal destinados a celdas. Una de ellas se encontraba justo debajo del techo y son las celdas conocidas como “Piombi”, ya que el techo estaba cubierto con el mismo material, lo que hacía que en invierno fueran heladas y en verano, muy calurosas. El otro espacio se encuentra en el lado opuesto, es decir, a nivel del agua y consiste en una fila de celdas denominadas “Pozzi” porque, con el aumento de la marea (y el fenómeno de la alta mar), terminaban llenándose de agua. En estas prisiones, las condiciones de los prisioneros no podían ser más duras, pero en realidad, el primer problema que se consideró fue el del espacio. Se trataba de celdas permanentemente abarrotadas, y por ello se llegó a la decisión de iniciar la construcción de un edificio específico para la detención, de ahí la definición de “Nuevas Prisiones”. La construcción comenzó en 1564 y finalizó en 1615.
El hecho de que se tratara de un proyecto de alto nivel, es decir, un proyecto institucional impulsado por las autoridades de la República, es evidente por varias características. Dos deben ser señaladas: la primera es su ubicación absolutamente central, cerca del Palacio Ducal y conectada a través del Puente de los Suspiros, y, por último, la masa imponente del edificio, enfatizada por la elección del material de construcción. Se trata de piedra de Istria, ampliamente utilizada en Venecia (el mismo Puente de los Suspiros), apreciada por sus características de solidez, pesadez y aislamiento, tanto de la humedad como del fuego; no es casualidad que las Prisiones sean el edificio mejor conservado de la ciudad, ya que el fuego nunca ha tomado el control.